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am 29. März 2006
Im ersten Kapitel werden Grundlagen erklärt und man erhält einen Überblick über die Bioinformatik. Außerdem gibt es eine kurze Einführung in das Programm Mathematica, ein bekanntes Computeralgebraprogramm, das hier für Bioinformatik „zweckentfremdet" wird. Im zweiten Kapitel werden statistische Methoden zur Sequenzanalyse besprochen (Wahrscheinlichkeitsrechnung, Markov-Modelle, Hidden-Markov-Modelle). Dazu gibt es jeweils anschauliche Beispiele und Algorithmen zur Lösung. Im dritten Kapitel geht es um die praktische Bioinformatik. D.h. es werden Themen wie Alignment und phylogenetische Analysen behandelt. Das vierte Kapitel behandelt informationstheoretische und statistische Eigenschaften von Genomen. Es werden Themen, wie Entropie, Transinformation und Korrelationen von DNA-Sequenzen erklärt. Abschließend werden im fünften Kapitel neuere Themen zur Bioinformatik besprochen. D.h. Themen von denen man erst einmal nicht vermuten würde, daß man sie mit der Bioinformatik in Verbindung bringen kann (Fraktale, Netzwerke).
Zur Beschreibung der Algorithmen wird Mathematica verwendet. Obwohl ich erst nicht so begeistert davon war, halte ich es inzwischen für besser als reinen Pseudocode zu verwenden, denn die Mathematica-Beispiele (Notebooks) lassen sich wenigstens ausführen. Außerdem ist es einem mit sehr einfachen Mitteln und ohne Programmierkenntnisse möglich, erstaunliche Ergebnisse zu erzielen (Darstellung von Fraktalen, Balkendiagramme, Distanzmatrizen, ...). Für jemanden, der schon Programmieren kann (C/C++, Java oder Perl) ist es ein Leichtes die beschriebenen Algorithmen und Methode in einer anderen Sprache nachzuprogrammieren.
Dieses Buch schließt die Lücke zwischen dem sehr oberflächlichen Bioinformatik-Buch von Lesk und dem eher theoretischen Buch von Böckenhauer/Bongartz (Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik). Das Buch ist sehr gut und flüssig geschrieben, was für ein Fachbuch doch recht selten ist. Zu jedem Kapitel gibt es eine Reihe von Literaturhinweisen zur Vertiefung. Als einziges Manko kann man die fehlenden Übungsaufgaben sehen. Einige (wenige) vorgerechnete Zahlenbeispiele fangen diesen Nachteil aber auf.
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am 6. April 2006
Das Buch habe ich mir gekauft, um Methoden der Bioinformatik kennenzulernen und ggf. in meinem Arbeitsgebiet anzuwenden.
Didaktisch macht es einen sehr guten Eindruck, die Autoren stellen den Stoff systematisch und anschaulich dar. Zusätzlich sind die Algorithmen als Mathematica-Quellcode abgebildet und ermöglichen somit das unmittelbare Nachvollziehen der vorgestellten Verfahren (MatLab wäre mir lieber gewesen ;-)
Fazit: Ein sehr lesenswertes Buch, auch für fachfremde Naturwissenschaftler und Ingenieure. Die im Buch vorgestellten Methoden zur Analyse und Klassifizierung von Daten lassen sich leicht auf Problemstellungen anderer Fachgebiete anwenden.
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am 21. Oktober 2014
Sehr gute Informationen enhalten.
Das Buch eignet sich gut für den Einstieg, gibt kurze Hinweise und Verweise zur Möglichkeit weiterer Informationen
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am 10. März 2013
Super- Danke, Artikel wie beschrieben. Preis - Leistung sehr gut, 100 % weiterzuempfehlen. Gefällt mir sehr. unkompliziert handzuhaben. Danke nochmals
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