Kirk, inzwischen zum Captain degradiert (vgl. Star Trek IV) verbringt mit Spock, McCoy und Sulu einige Tage im Mutara-Sektor. Dort will er sich seinem Fehler stellen und in Erfahrung bringen, was im System schief gelaufen ist, nachdem er Khan dort vor eineinhalb Jahrzehnten dort aussetzte...
Ceti Alpha V. Khan, Marla McGivers und Khans Truppen sind auf dieser Welt auf eigenen Wunsch ausgesetzt worden. In der Tat scheint der Planet kolonisierungsfähig zu sein. Es handelt sich um eine Klasse-M-Welt mit genug Flora und Fauna um Khans Imperium zu errichten. Doch nicht alle sind glücklich mit dem Zustand. Insbesondere der Augment Ericson ist Khan ein Dorn im Auge und versucht ihn ständig herauszufordern - bis zu einem gewisssen Grad. McGivers hat sich auf Seiten Khans geschlagen und hat daher erneut seinen Respekt verdient. Zunächst war er verärgert, aber inzwischen hat er eingesehen, dass es falsch war, zwischen ihm und ihrer Loyalität zu Captain Kirk (wie in der Episode Space Seed) zu wählen. Dafür schikanieren die Augments bereits nach Chekovs Hochbeamen die ehemalige Starfleethistorikerin. Khan behütet sie jedoch, so gut es geht. In der ersten Nacht werden bereits einige Augments getötet und verletzt, als einige Smilodon oder Säbelzahntiger sich unbemerkt Zutritt zum Lager verschaffen. Khan ist wütend und versucht einen Suchtrupp zu organisieren um die Leichen würdig zu bestatten und vor allem die Bestien zur Strecke zu bringen. Schließlich lässt sich kein Imperium bilden, wenn die Gefolgsschaft auf der Frühstücksliste steht. So einfach ist es auch nicht auf Ceti Alpha V zu leben. Prähistorische Wesen, giftige Pflanzen, dennoch ist Leben dort möglich, wenn auch nicht luxuriös. Mit den zur Verfügung gestellten Starfleetrationen und dem einzigen Phaser kommen die Kolonisten trotz diverser Reibereien und einem erfolglosen Mordversuch auf McGivers mittelmäßig über die Runden. Doch dann explodiert Ceti Alpha VI nach 6 Monaten, vernichtet sowohl Flora als auch Fauna auf den Nachbarplaneten. Das einzige Tier, das dort prächtig gedeiht ist eine widerwärtige Kreatur, die sich im Gehirn festsetzt und zunächst das Opfer für Suggestionen gefügig macht. Khan und die seinen müssen auf einer Wüstenwelt und den widrigsten Umständen überleben. Und der Feind ist in den eigenen Reihen. Ein Wettlauf mit der Zeit beginnt, da der Planet komplett dem Untergang geweiht ist.
... To Reign in Hell spielt auf einen Satz an, den Khan in der geschnittenen und in der DVD-Fassung wieder eingefügten Sektion von Milton zitiert: Lieber in der Hölle regieren als dem Himmel dienen. An sich bietet das Ende nichts Neues. Wer Space Seed kennt und danach Star Trek II gesehen hat, weiß, was passiert ist. Cox baut um diese kurze Antwort Khans im genannten Film eine Überlebensgeschichte, die von Anfang an zum Scheitern verurteilt ist. Die Nebenhandlung um überlebende Augments, die sich von Khan losgelöst und dort vergessen worden sind ist eine kleine Wiedergutmachung Kirks an seinen großen Fehler, den er begangen hat, aber an sich nicht so interessant wie die Haupthandlung. Auch wenn der Roman nicht allzu viel Neues verrät, versucht Cox logische Fehler in der Handlung bzw. offene Fragen zu beantworten und teilt mit, dass er einen etwas anderen Weg als die Autorin der Adaption des Films gegangen ist. Er verknüpft damit aber auch Mittel, die er bereits in The Eugenic Wars verarbeitet hat. Außerdem wird vielleicht so Khans Hass noch greifbarer. Jeder, der sich für die Eugenischen Kriege und Khan interessiert, wird folgende Reihenfolge ans Herz gelegt: Assignment: Eternity (der an sich mit Khan nichts zu tun hat, aber einen kleinen Verweis in die Folgebände geschafft hat), The Eugenic Wars 1 und 2 - für die Kernhandlung - davor oder danach, wie mans gerne hat Space Seed, dann dieser Band und schließlich Star Trek II. Damit hat man einen guten und gelungenen Überblick über das Thema. Das Schöne ist, dass Cox nicht unbedingt der Erklärung Davids widerspricht, warum Ceti Alpha VI tatsächlich explodierte, was ja in Gateways 5 von 7 Cold Wars aufgedeckt wurde. Die Erklärung Spocks in diesem Band ist lediglich eine mögliche Erklärung.