Die "theologisch-politische Abhandlung" ist vielleicht für die heutigen Leser das am wenigsten interessante Werk Spinozas, denn die höhere kritische Bewegung die Spinoza angeregt hat, machte Selbstverständlichkeiten aus den Lehren, für die Spinoza sein Leben aufs Spiel gesetzt hatte. Dennoch bleibt dieses Werk eine geistesgeschichtliche Pionierarbeit. Spinoza analysierte erstmals die heiligen Schriften nach einer modernen historisch-kritischen Methode und schränkte so absolute Wahrheitsansprüche - einschließlich einer mosaischen Verfassung - auf die Relativität der jeweiligen Zeitepochen und ihrer Wertesysteme ein. Lediglich jene allgemeinen moralischen und religiösen Prinzipien der Bibel blieben für ihn gültig, die mit einer natürlichen und vernünftigen Ethik übereinstimmten, wie die Gerechtigkeit, Nächstenliebe, Frieden und Gottesliebe. Die Religion sollte als Gegenstand wissenschaftlicher Forschung betrachtet werden. Einer verkrusteten, bornierten, unfehlbaren Theologenherrschaft setzte er die Selbstbehauptung eines denkenden Individuums entgegen, das sich seiner Fehlbarkeit durchaus bewusst ist: "Ich weiß, daß ich ein Mensch bin und daß ich habe irren können", schreibt einer der bescheidensten Philosophen in der europäischen Philosophiegeschichte.
In dieser Schrift geht es also vor allem um ein Plädoyer für die Gewissens- und Gedankenfreiheit ("so habe ich mir fest vorgenommen, die Schrift von neuem mit unbefangenem und freiem Geist zu prüfen..."), für religiöse Toleranz ("Ich habe mich oft darüber gewundert, daß Leute, die sich rühmen, die christliche Religion zu bekennen, also Liebe, Freude, Frieden, Mäßigung und Treue gegen jedermann, dennoch in der feindseligsten Weise miteinander streiten und täglich den bittersten Haß gegeneinander auslassen, so daß man ihren Glauben leichter hieran als an jenen Tugenden erkennt.") und für die Trennung von Theologie und Philosophie/Vernunft ("Diejenigen sind also ganz und gar auf falschem Wege, die die Autorität der Schrift mit mathematischen Beweisen darzutun versuchen.").
Die Hauptthese des Werkes besagt, dass die Sprache der Bibel absichtlich metaphorisch oder allegorisch sei, dass man sie also nicht wortwörtlich nehmen darf, was leider christliche Fundamentalisten immer noch tun. Nicht nur weil sie der orientalischen Neigung zu großer sprachlicher Farbigkeit und Ausschmückung und zu übertriebenen Ausdrücken und Schilderungen unterworfen ist, sondern auch weil die Propheten und Apostel, indem sie ihre Lehren durch Anregung der Einbildungskraft zu verbreiten suchten, gezwungen waren, sich der Aufnahmefähigkeit und den Anlagen des Volksgeistes anzupassen, bediente man sich jener metaphorischen Sprache. "Da die Bibel zuerst für ein ganzes Volk und später für das ganze Geschlecht offenbart wurde, so mußte ihr Inhalt der Fassungskraft des niederen Volkes angepasst werden", schreibt Spinoza. Die Bibel "will nicht die Vernunft überzeugen, sondern die Einbildungskraft und das Gefühl der Menschen erregen und beschäftigen." Daher die Unmenge von Wundern und wiederholten Erscheinungen Gottes im Alten und Neuen Testament. Die gläubigen Menschen gefallen sich in der Vorstellung, dass Gott für sie die Ordnung des natürlichen Geschehens durchbreche, "denn die Menge glaubt, daß sich die Macht und Vorsehung Gottes dann am deutlichsten offenbare, wenn etwas Ungewöhnliches in der Natur geschieht." So erfanden die Juden eine wunderbare Deutung für das Längerwerden der Tage, um andere und vielleicht auch sich selbst davon zu überzeugen, dass sie die Lieblinge und Auserwählte Gottes seien. Nüchterne und genaue Darlegungen bewegen das Gemüt der Menge nicht. Auch die Apostel nahmen aus demselben Grund Zuflucht zu den Wundergeschichten. All dies bestätigt nur die Ansicht von Spinoza, dass die Bibel "nichts Philosophisches, sondern allein die Frömmigkeit lehrt."
Auf Grund dieser Einsicht gedeutet, enthält die Bibel nichts, sagt Spinoza, das der Vernunft widersprechen würde. Wörtlich genommen ist sie aber voll von Irrtümern, Widersprüchen und offenkundigen Unmöglichkeiten, genau wie die Behauptung, dass die fünf Bücher Mosis von Moses geschrieben seien. Spinoza ist sich natürlich dessen bewusst, dass das gläubige Volk stets nach einer bilderreichen, märchenhaften und mit dem Glorienschein des Übernatürlichen geschmückten Religion verlangen wird, als Philosoph aber kann er sich diesem Aberglauben nicht beugen. Der Philosoph weiß, dass Gott und die Natur dasselbe Wesen sind, das notwendig und unwandelbaren Gesetzen gemäß handelt. Er weiß, dass in der Bibel "Gott nur entsprechend der Fassungskraft der Menge und aus bloßer Schwäche des Verstandes als Gesetzgeber und Fürst geschildert und gerecht und barmherzig genannt wird; daß in Wirklichkeit Gott alles nach seiner Natur... leitet und seine Beschlüsse und Gebote ewige Wahrheiten sind."
Da Spinoza ein entschiedener Gegner von Leichtgläubigkeit, Vorurteilen, und Streitereien um spekulative Dinge in den Religionen ist, wünscht er sich von einem gerechten Staat Staatsgesetze, wo "nur Taten gerichtet, Worte aber straffrei gelassen" werden. Für die Gegenwart bedeutet das die Abschaffung des Gotteslästerungsparagraphen.