Wo andernorts die deutsche Geschichte mit Hilfe kitschiger Liebesstories oder sonstigen dramaturgischen Kniffen zu monumentalen Zweiteilern (Neger, Neger, Schornsteinfeger, Dresden, Sturmflut) aufgebläht wird, vertraute Regisseur Jo Baier, der seine Könnerschaft im Umgang mit historischen Stoffen schon mit dem Film Stauffenberg unter Beweis stellte, ganz auf die literarische Vorlage und Memoiren des Schauspielers Michael Degen. So fiebert man also in dem Film Nicht alle waren Mörder mit dem damals elfjährige Michael (eine Entdeckung: Aaron Altaras) und seiner Mutter Anna (wunderbar zurückhaltend: Nadja Uhl) bei deren Überlebenskampf im Deutschland zu Zeiten des Kriegsendes mit.
Beide sind Juden und versuchen ihrem Schicksal, das mit den Konzentrationslagern und dem historischen (Ge-)Wissen des Zuschauers allgegenwärtig erscheint, über zwei Jahre durch Unterschlupf bei Fremden zu entkommen. Hier liegt dann auch die wahre Stärke des Films. Bewusst wird auf eine simple Schwarz-Weiß-Kolorierung der agierenden Personen verzichtet. So verrät der Freund des Vaters in einer der spannendsten Passagen Anna an die Gestapo, die nur aufgrund ihres gefälschten Passes und dem schlechten Gedächtnis des Verräters noch entkommen kann.
Die Unterschlupf Gewährenden, durchgängig mit Hannelore Elstner, Katharina Thalbach, Richy Müller und Dagmar Manzel hervorragend besetzt, handeln meist nicht nur aus altruistischen Motiven, sondern gegen Entgelt oder aus anderen persönlichen Interessen heraus. Dennoch bleibt der humanistische Ansatz stets erkennbar. So auch beim gebrochenen Lokomotivführer (wie immer billiant: Axel Prahl), der den Flüchtenden in höchster Not ein Dach über dem Kopf gewährt und schließlich in einer ergreifenden Szene seine Mitwisserschaft und -wirkung an den Gräueltaten der Nazis beichtet. Er fuhr die Opfer zu Tausenden in die KZs, erlebte deren Vergasung, die rauchenden Kaminschlote und schwieg.
Dennoch riskierten alle Helfer ihr eigenes Leben und trugen schließlich zum finalen Überleben bei. Zum Schluss droht gerade von den vermeintlichen russischen Rettern noch der Tod, bis der Kommandant durch das Aufsagen des Totengebets Kaddisch von der jüdischen Identität überzeugt werden kann.