Nessie hat absolut nichts von einem "Monsterfilm". deshalb heißt es im Titel ja auch "Geheimnis" und nicht "Monster". Es ist viel mehr ein Film, der jeden, der ihn anschaut, wieder an Wunder glauben lässt. So geht es auch dem Amerikaner Dr. Dempsy, dessen Karriere schon völlig beendet scheint, als er nach Schottland versetzt wird um zu beweisen, dass es Nessie NICHT gibt! Am see angekommen wird er von allen Bewohnern mit Misstrauen und Argwohn empfangen. Nur die kleine Isabel fasst Vertrauen zu dem Wissenschaftler. Sie scheint einiges über den See zu wissen, aber wird sie es Dr. dempsy verraten? Dieser, durch den "herzlichen" Empfang fest entschlossen, seinen Auftrag zu beenden, durchsucht Loch Ness mit den neusten technischen Mitteln. Nach ein paar Tagen ist er sicher: Nessie ist ein Hirngespinnst. Doch dann wird er von Isy eines besseren belehrt, und jetzt gilt es, eine schwere Entscheidung zu treffen: Soll er Nessie schützen oder seine Karriere retten? Der "Hüter des sees" (ein wunderbarer Ian Holm) macht es ihm dabei nicht gerade leicht...