Matthias Marquardt wurde am 28. Januar 1977 in Soltau, Niedersachsen, geboren. 1996 legte er seine Abiturprüfung am Gymnasium Walsrode ab und studierte später Medizin an der Georg-August-Universität Göttingen sowie der Medizinischen Universität zu Lübeck.
Nach dem Abschluss des Studiums mit der Promotion zum Doktor der Medizin (Thema: "Zinkhomöostase des Sportlers nach sportlicher Belastung.") nahm Marquardt seine ärztliche Tätigkeit in der Klinik für Nieren-, Gefäß- und Hochdruckkrankheiten des Oststadtklinikums Hannover auf. Aufgrund seiner Expertise in sportmedizinischen Fragen gründete er 2007 eine Privatpraxis für Bewegungsanalyse und Leistungsdiagnostik im Zentrum von Hannover.
Im Jahre 2002 veröffentlichte er sein erstes Buch zur Lauftechnik und schrieb im Anschluss das mittlerweile in der 10. Auflage erschienene Standardwerk "Die Laufbibel". Weitere Buchveröffentlichungen zum Thema Laufsport und Gesundheit sowie ein medizinisches Fachbuch zum Thema Bewegungsanalyse folgten. Als Experte arbeitet er regelmäßig an Beiträgen in Sportmagazinen wie fit for fun, triathlon und Men's Health mit. Außerdem beantwortet er Leserfragen auf Spiegel Online.
Mit seiner Firma natural running bietet das Team von Dr. Marquardt bundesweit Laufseminare und Fortbildungen für Trainer und Bewegungsanalysten an. Für den Marktführer des Sportfachhandels, die INTERSPORT, bildet Marquardt exklusiv Lauftrainer und Verkaufspersonal aus.
Marquardt greift auf die Erfahrungen von 10 Jahren Triathlonleistungssport mit Marathon- und IRONMAN-Rennen zurück. 2007 trainierte die Ironman-Europameisterin im Tritahlonsport und unterstützt weitere Eliteathleten mit seinem Know-how.