Didaktisch klug sind vor allem die Einzeltraktate aufgebaut: Sie alle folgen, wo nicht inhaltliche Gründe dem entgegenstehen, einer festen Gliederung: Zunächst (I.) wird ein Aufriss der aktuellen Problemstellung der Thematik gegeben. Dann (II.) folgt die Darstellung der biblischen Grundlagen, (III.) die der (dogmen-)geschichtlichen Entwicklung. Die systematische Darstellung (IV.) schließt die jeweiligen Traktate ab.
Auffällig ist dabei der große Raum, den die Darstellung der Theologiegeschichte einnimmt. Ebenso wie es erstaunt, dass gerade in diesem Teil des Traktates, der offensichtlich an die Stelle des klassischen Traditionsbeweises gerückt ist, sich in postmoderner Versöhntheit Dokumente des kirchlichen Lehramtes, Texte der bzw. über die Väter und Kirchenlehrer ebenso finden wie jene von Häretikern (in besonderer Häufigkeit: Martin Luther) oder zweifelhafter neuerer Autoren (Karl Rahner, Gustavo Gutiérrez, Edward Schillebeeckx, Hans Urs von Balthasar usw.). Reichlich wird also aus der Theologiegeschichte geschöpft, aber zumeist so, dass es sich in das Gesamtschema einordnet und vieles, auch Widersprüchliches so freundlich bzw. im Sinne des Grundschemas interpretiert wird, dass es sich gut zusammenfügt. Dies freundliche Interpretation kommt in den seltensten Fällen der Neuscholastik zugute , sie fällt vielmehr besonders bezüglich der Befreiungstheologie sowie der „nouvelle théologie" und verwandter Strömungen auf: So werden etwa - ein Beispiel von vielen - Theologen wie Karl Rahner, Henri de Lubac, Otto H. Pesch und Gisbert Greshake dafür gelobt, dass sie die Gnadenlehre aus den „Aporien" der nachtridentinischen Gnadentheologie herausgeführt hätten (809). Die Frage muss erlaubt sein, ob die Gnadenlehre Rahners, die einen bedenklichen und folgenreichen Schlingerkurs zwischen Allerlösungs- und Selbsterlösungslehre darstellt, ob die Aufstellungen Greshakes, die einer Rehabilitation des von der Kirche verurteilten Pelagianismus das Wort reden, wirklich echte Lösungen der Probleme des Streits de auxillis darstellen.
Gelegentlich wird auch Entscheidendes, was in den Entwurf nicht passt, einfach beim Zitieren ausgelassen. Dies zeigt sich besonders dort, wo Texte des Zweiten Vatikanischen Konzils angeführt werden. Besonders deutlich etwa, wo im Hinblick auf Begriff und Ziel der Theologie als Wissenschaft Optatam totius zitiert wird (15). Während die Aufforderung zitiert wird, die jungen Theologen, sollen tief in die katholische Lehre eindringen, wird der für die Dogmatik entscheidende, auch ins neue Kirchenrecht aufgenommene Passus, dies habe „mit dem heiligen Thomas als Lehrmeister" zu geschehen, unterschlagen. Freilich muss der Gerechtigkeit halber gesagt werden, dass Müller dann doch in dem dritten Teil seiner Traktate den Aquinaten sehr ausführlich zu Worte kommen lässt, freilich mehr unter theologiegeschichtlichem Interesse.
Manchmal langt für die Interpretation von Texten im Sinne des Gesamtentwurfs schon ein einziges Wort. Etwa dort, wo Müller sagt, das II. Vatikanum habe im „Anschluss an die neure Theologie (H. de Lubac, H. Rondet, K. Rahner u.a.)" davon gesprochen, dass es „'nur eine letzte Berufung des Menschen, die göttliche' (GS 22) geben kann." (127) In Wirklichkeit spricht das Konzil davon, dass es „nur eine letzte Berufung des Menschen gibt, die göttliche". Über das „kann" bzw. die Möglichkeit macht es dabei keine Aussage, sondern nur über die tatsächliche Gegebenheit im gegenwärtigen Status der menschlichen Natur. Von daher mag das „kann" die Position de Lubacs sein. Niemals aber der katholischen Kirche, die diese Position, noch kurz vor dem Konzil, in Humani generis eindeutig, energisch und mit guten Gründen zurückgewiesen hat. Die Möglichkeit zu leugnen hieße nämlich in einem weiteren Schritt den Unterschied zwischen der natürlichen und die übernatürlichen Ordnung, den auch das I. Vatikanische Konzil so klar dargestellt hat (duplex ordo cognitionis), bis zur Unkenntlichkeit zu verwischen und damit einem weitreichenden Konfusionismus den Weg zu bereiten, der noch bis in den anscheinend nebensächlichsten Traktat Auswirkungen zeigen wird. Ist diese Unterschied nicht mehr klar, wird man auch nicht mehr sinnvollerweise zwischen der natürlichen und der übernatürlichen Theologie unterscheiden können. Spezifikum der natürlichen Theologie bzw. der Metaphysik ist es, dass sie von den Kreaturen ausgeht und von diesen und ihren Erfahrungen ausgehend zu Gott als der höchsten Ursache aufsteigt, während die übernatürliche Theologie den genau umgekehrten Weg wählt: Ihr Ausgangspunkt ist das allein durch die Offenbarung zu erkennende innere Wesen Gottes, von diesem Ausgangspunkt geht sie aus und erklärt alles Weitere, steigt von hieraus dann auch bis zu den Kreaturen hinab. Im Hinblick auf die Neugliederung der Dogmatik Müllers scheint also das kleine Umbiegen der Konzilsaussage im Sinne der nouvelle théologie doch nicht ganz zufällig zu sein. Hier zeigt sich sehr anschaulich, wohin es führt, wenn man das Konzil nicht, wie dies der Heilige Vater wünscht „im Sinne der Tradition interpretiert" (Novo millenio ineunte), sondern im Sinne von solch zweifelhaften Theologen wie Karl Rahner oder Henri de Lubac.
Ähnliches ließe sich auch zur Frage nach der dogmatischen Qualifikation der Siebenzahl der Sakramente (641) oder jener der Begrifflichkeit von Materie und Form in der Sakramentenlehre (636) sagen. Wenn Müller hier sagt: „Zum Dogma wurde allerdings nicht die philosophische Konzeption [thomistische Lehre von Materie und Form] erhoben", so ist die an und für sich richtig, aber eben ungenau und irreführend. Die Aussage beachtet zu wenig, dass der Papst im Anschluss an Humani generis in Fides et Ratio (Nr. 96) von einer „immerwährenden Gültigkeit der in den Konzilsdefinitionen verwendeten Begriffssprache" spricht. Sie wird freilich verständlich, wenn man die sehr restriktive Terminologie, die Müller bezüglich des Begriffs Dogma eingangs einführt, beachtet: Zu den Dogmen im Sinne des I. Vaticanums gehören nach Müller nur die Unbefleckte Empfängnis, Infalibilität / Jurisdiktionsprimat sowie die leibliche Aufnahme der Gottesmutter in den Himmel (80).