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Auch bei Teil zwei des Echtzeitstrategiespiels bekriegen sich wieder die "Evolutionäre", die "Überlebenden" und die Agrarroboter der "Serie 9" um die Vorherrschaft auf der Erde. Nach der Wahl einer Rasse stehen dem Spieler 45 Schlachten bevor, in denen die eigenen Kampfgruppen über ein Menü gebildet, halbiert, in Einheitentypen gesplittet oder zusammengefügt werden. Außerdem legt der Feldherr fest, wie sich die Gruppen in Kampfsituationen verhalten sollen. Mit dem Aufbau eines Stützpunkts wird man erst nach einigen Missionen konfrontiert.