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Computational Biology: A Practical Introduction to BioData Processing and Analysis with Linux, MySQL, and R [Englisch] [Gebundene Ausgabe]

Röbbe Wünschiers
2.0 von 5 Sternen  Alle Rezensionen anzeigen (1 Kundenrezension)
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Kurzbeschreibung

31. Januar 2013 3642347487 978-3642347481 2nd ed. 2013

This greatly expanded 2nd edition provides a practical introduction to

- data processing with Linux tools and the programming languages AWK and Perl

- data management with the relational database system MySQL, and

- data analysis and visualization with the statistical computing environment R

for students and practitioners in the life sciences. Although written for beginners, experienced researchers in areas involving bioinformatics and computational biology may benefit from numerous tips and tricks that help to process, filter and format large datasets. Learning by doing is the basic concept of this book. Worked examples illustrate how to employ data processing and analysis techniques, e.g. for

- finding proteins potentially causing pathogenicity in bacteria,

- supporting the significance of BLAST with homology modeling, or

- detecting candidate proteins that may be redox-regulated, on the basis of their structure.

All the software tools and datasets used are freely available. One section is devoted to explaining setup and maintenance of Linux as an operating system independent virtual machine. The author's experiences and knowledge gained from working and teaching in both academia and industry constitute the foundation for this practical approach.


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Produktinformation

  • Gebundene Ausgabe: 449 Seiten
  • Verlag: Springer; Auflage: 2nd ed. 2013 (31. Januar 2013)
  • Sprache: Englisch
  • ISBN-10: 3642347487
  • ISBN-13: 978-3642347481
  • Größe und/oder Gewicht: 3,3 x 15,3 x 23 cm
  • Durchschnittliche Kundenbewertung: 2.0 von 5 Sternen  Alle Rezensionen anzeigen (1 Kundenrezension)
  • Amazon Bestseller-Rang: Nr. 323.140 in Fremdsprachige Bücher (Siehe Top 100 in Fremdsprachige Bücher)
  • Komplettes Inhaltsverzeichnis ansehen

Mehr über den Autor

Scientific Stations
since 2009 : Professor for Biochemistry/Molecular Biology at the University of Applied Sciences Mittweida/Germany
2007-2009 : Bioinformatics Manager at BASF Plant Science
2006 : 2nd Doctorate (habilitation) in Genetics at the University of Cologne
2005-2007 : Independent Researcher & Lecturer at the University of Cologne/Germany
2002-2005 : PostDoc at the University of Cologne/Germany
1999-2001 : PostDoc at Uppsala University in Sweden
1996-1999 : PhD at the University of Marburg/Germany

Additional Stations
since 2007 : Guest Lecturer for Computational Biology at the University of Cologne
2006-2007 : Guest Lecturer for Bioinformatics at Bingen University of Applied Sciences/Germany
2005-2006 : Guest Lecturer at Marburg University/Germany

Applied Methods
-> (Cyano)Bacterial Molecular Biology and Biochemistry
-> Gene Expression Analysis and Metatranscriptomics
-> Computational Biology: Data Integration & Visualization

Research Interests
-> Optimization of Biogas Production; Genomic Stoichiometry

More information at http://www.staff.hs-mittweida.de/~wuenschi

Produktbeschreibungen

Pressestimmen

From the reviews of the second edition:

“This book aims to guide an astute pupil on the path to acquiring a practical familiarity with the UNIX command line. … I found the book entertainingly written and well edited--increasingly rare attributes in current books on computing. … The book is a spirited introduction to data processing on Unix, and will also be useful to driven data wranglers who are not necessarily in the biology field.” (A. Squassabia, Computing Reviews, November, 2013)

“This work will be valuable to new computational biology/bioinformatics students who want to learn programming. … Students can follow each chapter by working out the code on their own computers, and they can sharpen their programming skills by trying out the exercise at the end. … The book will be a good starting point for many newcomers who have no or little idea of programming as well as a concise reference guide for students and scientists. Summing Up: Highly recommended. All academic and professional audiences.” (V. Mathura, Choice, Vol. 51 (3), November, 2013)

Buchrückseite

This greatly expanded 2nd edition provides a practical introduction to

- data processing with Linux tools and the programming languages AWK and Perl

- data management with the relational database system MySQL, and

- data analysis and visualization with the statistical computing environment R

for students and practitioners in the life sciences. Although written for beginners, experienced researchers in areas involving bioinformatics and computational biology may benefit from numerous tips and tricks that help to process, filter and format large datasets. Learning by doing is the basic concept of this book. Worked examples illustrate how to employ data processing and analysis techniques, e.g. for

- finding proteins potentially causing pathogenicity in bacteria,

- supporting the significance of BLAST with homology modeling, or

- detecting candidate proteins that may be redox-regulated, on the basis of their structure.

All the software tools and datasets used are freely available. One section is devoted to explaining setup and maintenance of Linux as an operating system independent virtual machine. The author's experiences and knowledge gained from working and teaching in both academia and industry constitute the foundation for this practical approach.


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2.0 von 5 Sternen Teures Tutorial 24. April 2014
Von Jean
Format:Gebundene Ausgabe
Der Titel verspricht viel --- "Computational Biology". Was das Buch tatsächlich enthält, ist eine Sammlung von Tutorials zu

* Linux (Was ist Linux? Wie richte ich Dual Boot ein? Übliche Kommandos, z.B. cd, file, chmod etc., dazu Editoren wie vi und pico)
* Shell-Programmierung (das übliche while-do-done-if-then-else-fi...)
* SED, AWK und Perl
* Reguläre Ausdrücke
* BLAST und ClustalW (zwei Programme zum Sequence Alignment, insgesamt 7 Seiten, die eher die Installation abdecken "Wie lade ich BLAST von einem FTP-Server herunter")
* MySQL aufsetzen und Basics zur SQL-Syntax und Semantik
* R, Installation und Basics (was ist eine Matrix? Wie kann ich einen Barplot erzeugen? ...)
* Perl --- Syntax und Semantik

Einzelne Kommandos werden zwischendurch anhand von großen Text-Files, die irgendwelche Gensequenzen (also eigentlich große Mengen von ATGC oder auch irgendwelche Sequenzen von Aminosäuren) enthalten, illustriert. Z.B. gibt's da anscheinend ein AWK-Skript, das sich die korrekten Tripel aus einem ATGC-String raussucht und stattdessen die passenden Aminosäuren einsetzt.

Die letzten 70 Seiten werden auf drei "größere" Praxisbeispiele verwendet, die tatsächlich nützlich sein könnten, wenn nicht schon wieder ein großer Teil der Kapitel für Screenshots und "wie installiere ich Tool X" draufgehen würde.
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Amazon.com: 5.0 von 5 Sternen  1 Rezension
1 von 1 Kunden fanden die folgende Rezension hilfreich
5.0 von 5 Sternen Excellent introduction 15. Mai 2013
Von Sean - Veröffentlicht auf Amazon.com
Format:Gebundene Ausgabe
I was very glad to find that Dr. Röbbe Wünschiers updated and expanded his 2004 book "Computational Biology" in this excellent 2013 second edition. I purchased the first edition about 5 years ago and refer to it from time to time for my computational work. If you need a comprehensive introduction to Computational Biology, I would heartily recommend this book. The writing style is clear and straightforward (although it is sometimes evident that English is not the author's first language but this lends charm to the reading), sometimes with a bit of humor. The author also offers insightful advice along the way, some of which would take you a lot of time and work to put together on your own (at least, it has for me!). The progression from Unix command line/shell scripts to Sed/Awk to Perl pretty much recaps how to logically approach and develop programming skills. Personally, I find Awk especially useful for file manipulation and use it for my data formatting and parsing huge files. Awk can seem arcane at first as it is so concise. Once you get the hang of it, you will find one line of Awk equals 50-80+ lines of Perl or Python for most simple tasks. For more complicated tasks, Dr. Wünschiers includes a chapter on the rudiments of Perl. There are new chapters in the 2nd edition presenting information about Databases and R statistics packages, topics that move the book forward towards dealing with NGS data. The second edition is further strengthened with biologically meaningful exercises. When you master all the aspects presented in the 2nd edition of "Computational Biology", you will be a guru in your own right (and can get paid those big bioinformatic bucks!).
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